Die Heimatarmee war der militärische Arm des Untergrundstaates.
Der Vorgänger der Heimatarmee, der „Dienst für den Sieg Polens“ (Sluzba Zwyciestwu Polski, SZP), wurde bereits im belagerten Warschau gebildet, wobei die beteiligten Offiziere auf ihre Erfahrungen mit konspirativer Organisation aus dem I. Weltkrieg zurückgreifen konnten. Diesen beerbte im Januar 1940 der „Bund für den Bewaffneten Kampf“ (Zwiazek Walki Zbrojnej, ZWZ), die im Februar 1942 auf Befehl von Ministerpräsident Sikorski in Heimatarmee (Armia Krajowa, AK) umbenannt wurde. Aufgabe dieser Organisationen war, die verschiedenen Untergrundorganisationen, von denen über hundert bleibende Bedeutung hatten, unter einem Kommando zusammenzufassen. Das gelang bei der Bauernpartei erst spät, im Falle der nationalistischen Rechten nur unvollständig.
Eine Zusammenarbeit mit den moskautreuen Kommunisten kam nie zustande, die mit der Volksgarde bzw. –armee (Gwardia/Armia Ludowa, GL/AL) ihre eigene Partisanenorganisation hatte. Der Oberbefehl lag bei der erst in Frankreich, dann in London amtierenden Exilregierung.
Die Struktur der Untergrundarmee mit ihrer funktionalen, hierarchischen und territorialen
Gliederung entsprach der regulärer Streitkräfte. Sie war somit das militärische Pendant zu den zivilen Einrichtungen des „Untergrundstaates". 1944 verfügte sie über 400.000 Mann, die sich allerdings aus z. T. stark unterschiedliche Gruppen zusammensetzten, zwischen denen die politischen Gegensätze der Vorkriegszeit weiter schwelten, so daß von
einer homogenen „Armee“ kaum die Rede sein kann.
Das Hauptproblem der AK war die Beschaffung von Waffen, so daß sie nur einen kleinen Teil ihrer Kämpfer ausrüsten konnte. Von Beginn an operierte sie auf dem gesamtem Territorium Vorkriegspolens, also einschließlich der von Stalin kassierten Gebiete. Ihre Aktivitäten umfaßten Sabotage, Feindaufklärung für die Alliierten, Propaganda, Bekämpfung von Kollaborateuren, Anschläge auf deutsche Amtsträger, das Sammeln und Weitergeben von Informationen über deutsche Verbrechen in Polen und, gegen Ende des Krieges, umfassende militärische Aktionen, allen voran der Warschauer Aufstand. Auch in Berlin gab es eine AK-Abteilung, die Anschläge ausführte.
Das Ende der AK kam mit der (Rück-)Eroberung des polnischen Territoriums durch die Rote Armee, die bereits 1939-41 zu den erklärten Feinden der AK gehört hatte. In der Operation „Burza“ (Gewittersturm) bekämpfte die AK die Deutschen Truppen in Frontnähe, erleichterte den Sowjets ihren Vormarsch und übernahm die Kontrolle über Ortschaften, die kurz vor der Einnahme durch die Russen standen. Da Moskau die Beziehungen zur
Londoner Exilregierung im April 1943 abgebrochen hatte, nutzte sie die Gelegenheit, die sie empfangenden potentiellen Gegner zu entwaffnen, zu deportieren und zu exekutieren. Dazu hatte die Katastrophe des Warschauer Aufstands, dem die Rote Armee, nachdem sie selbst zum Aufstand ermuntert
hatte, aus sicherer Entfernung zusah, die Heimatarmee schwer getroffen und entmutigt. So sollten die Operationen ab Oktober 1944 auf den Schutz der Bevölkerung beschränkt werden, und am 19. Januar 1945 verkündete die AK ihre Auflösung. Einzelne Einheiten kämpften noch bis 1948 gegen das sich etablierende kommunistische System.
Die AK kämpfte unter extremen Opfern gegen zwei übermächtige Gegner, ohne das Ziel eines unabhängigen Polen erreichen zu können. Das Land ist übersät von den Gräbern gefallener Widerstandskämpfer. Entsprechend hoch ist ihre Stellenwert im kollektiven Gedächtnis des heutigen Polen, nachdem die Kommunisten sie zuerst verleumdet und dann in den Schatten des – tatsächlich wesentlich unbedeutenderen – kommunistischen Widerstandes gerückt hatten.