Die Epoche der preußischen Herrschaft über beide Landesteile überschatteten wachsende nationale Spannungen.
Die französische Revolution und ihre Folgen brachten auch dem Lande Preußen große Veränderungen. In der II. polnischen Teilung von 1793 setzte Preußen das Werk Friedrich II. fort und vervollständigte durch den Raub von Danzig und Thorn seine preußischen Lande. 1807, nach der Niederlage Preußens gegen Napoleon, blieben Ost- und Westpreußen bei Preußen, mit der Ausnahme Danzigs, das bis 1813 erstmals Freistaat war.
Der Wiener Kongreß, u. a. ermöglicht durch den von Ostpreußen ausgehenden Koalitionswechsel Preußens hin zu den Gegnern Frankreichs, zog die Grenzen des Deutschen Bundes, und wie Ost- und Westpreußen schon nicht zum Heiligen Römischen Reich gehört hatte, so blieb das Land auch außerhalb des deutschen Staatenbundes.
Hieraus ergab sich die oberste Forderung der zahlreichen ostpreußischen, oft adeligen Liberalen, die zu einem deutschen Nationalstaat gehören wollten. Der ostpreußische Liberalismus war ein Kind der Königsberger Aufklärung um Immanuel Kant, und Oberpräsident Theodor von Schön, dessen Schulpolitik frei von nationalen Pressionen
blieb, war ebenso einer ihrer Repräsentanten wie der Radikale Johann Jacoby. 1848 sahen sie ihre Forderung zunächst erfüllt, doch während die Provinz Preußen nach dem Sieg der Reaktion wieder aus dem Deutschen Bund ausschied, blieb der Riß zwischen nationalen Forderungen und internationaler liberaler Solidarität, der sich 1848 im Verhältnis zur polnischen Minderheit
aufgetan hatte, bestehen. Der Kampf der Nationalitäten wurde dann zu einem Grundzug des nationalen deutschen Kaiserreichs, das sich, gegen den Einspruch der polnischen Reichstagsabgeordneten, die preußischen Ostprovinzen einverleibt hatte. Dabei war die erste Hälfte des 19. Jh. in nationaler Hinsicht ruhig gewesen: nach dem Wiener Kongreß, der die Teilungsmächte umsonst mit der Bildung nationaler Institutionen beauftragt hatte, hatte die preußische Regierung in Westpreußen eine langsame Assimilierung der Polen und Kaschuben angestrebt. In Ostpreußen waren die Masuren ebenso treue Untertanen des preußischen Königs wie die Litauer im Memelgebiet. Nach dem desillusionierenden Jahr 1848 begannen die nationalen Konflikte: deutsche und polnische Nationalvereine wurden gegründet, der Kulturkampf entfremdete die polnischen Katholiken, der Kampf um das Land der verschuldeten Gutsbesitzer begann, die polnische Nationalbewegung warb
um Kaschuben und Masuren. Der Staat ergriff immer stärker Partei für die deutsche Seite, und 1906/07 griffen die Posener Schulstreiks, die sich am Verbot des polnischsprachigen Unterrichts entzündet hatten, auch auf Westpreußen über. Zu diesem Zeitpunkt war der ostpreußische Liberalismus längst zurückgedrängt, und aus den ländlichen Wahlkreisen wurden
konservative Abgeordnete in die Parlamente geschickt, wobei so mancher Gutsbesitzer seine ökonomische und administrative Macht ausnutzten, um die Wähler zu beeinflussen.
Die deutsche Strategie zu Beginn des I. Weltkriegs sah vor, Ostpreußen nur schwach zu verteidigen, um möglichst viele Kräfte im Westen aufbieten zu können. Diese Planungen spiegelten die in den vorangegangenen Jahrzehnten gesunkene Bedeutung Preußens wider. Die Industrialisierung faßte hier nur schlecht Fuß, so daß eine Ost-West-Wanderung eintrat und die Bevölkerung hier viel langsamer wuchs als anderswo. Gleichzeitig hatte das Land eine vierzigjährige Agrarkrise hinter sich, während der viele Güter von adeligen in bürgerliche Hände gewechselt waren. So konnten die russischen Armeen Ostpreußen einige Wochen lang besetzen, die jedoch lange nicht den Schrecken brachten, den die nationalistisch aufgehetzte Bevölkerung erwartet hatte. Dann legten Hindenburg und Ludendorff in der Schlacht, die sie „bei Tannenberg“ tauften, den Grundstein ihres militärischen Rufs und vertrieben die Russen aus Ostpreußen, was auf den Ausgang des Krieges jedoch keinen Einfluß ausübte.